L'objectiu d'aquest projecte és descobrir nous fàrmacs utilitzant mètodes de recerca que fa servir la indústria farmacèutica. Són mètodes in silico d'acord amb la pàgina del projecte del projecte del professor jo concretament soc el número 18 i em correspon el fàrmac 18 de la web: Activador Receptor de serotonina 5-HT1A: Gepirona.
Les eines que faré servir són moltes, la primera es va publicar el dia 4 d'abril de 2024 i s'anomena admetlab3 i està publicada a la revista Nucleic Acids Research
ADMETLAB permet analitzar la farmacocinètica d'un fàrmac o ADMET què vol dir: Absoricó, Distrubució, Metabolisme,Excresió i Toxicitat del fàrmac que m'ha tocat i fàrmacs semblants trobats o inventats per SwissSimilarity de l'institrut Swiss de bioniformàtica. La pàgina de SwissSimilarity no permet dibuaixar mol·lècules ni en 2D ni 3D sinó en format SMILES
Aquest és el meu fàrmac: Gepirona en estructura química:
Aquest és el SMILES de Gepirona: CC1(CC(=O)N(C(=O)C1)CCCCN2CCN(CC2)C3=NC=CC=N3)C
Vaig a veure amb quina força s'uneix la Gepirona s'utilitza per el tractament del trastorn depressiu major. S' uneix serotonina 5-HT1A.
1. Pujar arxius amb el vostre fàrmac, els 6 ginkgòlids i la vostra proteïna a http://swissdock.ch/docking recordeu la proteina en format pdb i els fàrmacs o ginkgolids en format mol2 (ginkgòlids en mol2 annexes). Recorda que pots preparar els productes amb Avogadro, Chimera, ChimeraX amb DockPrep, Add H, Add 3D i "sdf convert to mol2 online" o "mol convert to mol2.online"
2. Baixar per cada docking 3 resultats del mail de swissdock que caduquen en 7 dies: arxiu csv, arxiu zip i arxiu openchimera i guardar els 3 arxius en una carpeta amb el nom de la proteina i el nom de cada producte per exemple en una carpeta CodiPDB_NomFarmac com 1EEA_GinkgolideB
3. Pujar tots els csv obtinguts de swissdock per obtenir els resultats finals per obtenir gràfics i saber si els ginkgòlids tenen activitat semblant al vostre fàrmac https://colab.research.google.com/github/drfperez/DeepPurpose/blob/main/SwissdockAnalysisOK.ipynb
4. Treure conclusions dels gràfics obtinguts amb el codi del professor de la vostra proteina i el vostre fàrmacs de referència i posar les imatges obtingudes dels gràfics en la vostra web de neocities responent a moltes preguntes Per quina malaltia i per quin mecanisme la unió del fàrmac a la proteïna té un efecte terapèutic? Els ginkgòlids provats tenen activitat in silico (docking molecular) en el vostre model? Quin compost és més actiu? Després de la recerca in silico que heu fet en que consisteix la recerca in vitro, in vivo i estudis clínics?